This is a pencil.
手の届くところにある「これ」はthis、
手の届かない遠くにある「あれ」はthat、
相手の質問に対し、「それは~です」と答えるときはit
を使います。
thisやthatには距離感がありますが、itにはないことが大きな特徴です。
“This is a pencil.”の疑問文は、動詞がbe動詞なので主語と動詞を入れ替えて、
Is this a pencil?
「はい、そうです。」は、
Yes, it is.
「いいえ、ちがいます。」は、
No, it is not （またはisn’t）.
とします。